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      R语言画ROC曲线总结

      首页 知识中心 软件开发 文章详情页

      R语言画ROC曲线总结

      2023-02-10 05:50:35 阅读次数:547

      R语言

      在本文中,我描述了如何在CRAN中搜索用于绘制ROC曲线的包,并重点介绍了六个有用的包。

      我使用pkgsearch来搜索CRAN并查看其中的内容。该package_search()函数将文本字符串作为输入,并使用基本的文本挖掘技术来搜索所有CRAN。 

      经过一番尝试和错误之后,我确定了以下查询,其中包括许多与ROC相关的有趣软件包。

      rocPkg <-  pkg_search(query="ROC",size=200)

       

      rocPkgShort <- rocPkg %>% 
                     filter(maintainer_name != "ORPHANED", score > 190) %>%
                     select(score, package, downloads_last_month) %>%
                     arrange(desc(downloads_last_month))
      head(rocPkgShort)
      ## # A tibble: 6 x 3
      ##   score package  downloads_last_month
      ##   <dbl> <chr>                   <int>
      ## 1  690. ROCR                    56356
      ## 2 7938. pROC                    39584
      ## 3 1328. PRROC                    9058
      ## 4  833. sROC                     4236
      ## 5  266. hmeasure                 1946
      ## 6 1021. plotROC                  1672

      下图使用了Guangchuang Yu的dlstats软件包,查看我选择分析的六个软件包的下载历史记录。

      library(dlstats)
      shortList <- c("pROC","precrec","ROCit", "PRROC","ROCR","plotROC")
      downloads <- cran_stats(shortList)
      ggplot(downloads, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +
        geom_line() + geom_point(aes(shape=package)) +
        scale_y_continuous(trans = 'log2')

      R语言画ROC曲线总结

       

      2005年

       

      以下代码ROCR使用包随附的综合数据集设置并绘制默认的ROC曲线。在整个文章中,我将使用相同的数据集。

      library(ROCR)
      ## Loading required package: gplots
      ## 
      ## Attaching package: 'gplots'
      ## The following object is masked from 'package:stats':
      ## 
      ##     lowess
      
      # 为单个预测绘制ROC曲线,并对曲线进行着色。
      
      
      data(ROCR.simple)
      df <- data.frame(ROCR.simple)
      pred <- prediction(df$predictions, df$labels)
      perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
      plot(perf,colorize=TRUE)
       

      R语言画ROC曲线总结

       

      2010

       pROC在图中绘制曲线下面积(AUC)的置信区间非常容易。

      R语言画ROC曲线总结

       

      2014年

      roc.curve()函数会绘制出干净整齐的ROC曲线 。

       

      R语言画ROC曲线总结

      2014年

      该软件包提供了许多功能丰富的ggplot()几何图形 。 

      R语言画ROC曲线总结

       

       2015年

      precrec 是另一个用于绘制ROC的库。

      R语言画ROC曲线总结

       

      evalmod()函数可以很容易地生成各种模型特征的基本图。

      R语言画ROC曲线总结

       

      2019

      ROCit是一个用于绘制ROC曲线和其他二进制分类可视化效果的新程序包 ,并且正在迅速普及。 

      R语言画ROC曲线总结

       

       下图显示了CDF累积密度。KS统计数据显示两条曲线之间的最大距离。

      ksplot(ROCit_obj)

      R语言画ROC曲线总结

       



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