使用LAMMPS做分子动力学模拟 天翼云弹性高性能计算支持使用LAMMPS做分子动力学模拟,本文为您介绍该应用场景下的操作步骤。 背景信息 LAMMPS全称Largescale Atomic Molecular Massively Parallel Simulator,是一款经典分子动力学软件,用于模拟液态、固态或气态的粒子集合,广泛应用于材料、物理、化学等模拟场景。 准备工作 ● 已创建弹性高性能计算EHPC集群。 ● 已创建集群用户。 ● 需要安装的软件:安装Intel OneAPI、准备LAMMPS安装包。 操作步骤 1.编译。 shell 加载Intel工具包中的环境变量 module load libpmi/4.1.2/gcc4.8.5 compilerrt/2022.1.0 mpi/2021.6.0 mkl/2022.1.0 icc/2022.1.0 gcc/11.4.0 下载LAMMPS源代码压缩包 wget P /share 解压LAMMPS源代码 tar xf lammps.tar.gz C /share cd /share/lammps2Aug2023/src 进入/mnt/lammps2Aug2023/src/MAKE/OPTIONS目录,修改Makefile.intelcpuintelmpi vi MAKE/OPTIONS/Makefile.intelcpuintelmpi 在OPTFLAGS 中增加以下内容 O3 g DLAMMPSBIGBIG DLAMMPSMEMALIGN64 编译 make j $(nproc) yesmost make j $(nproc) yesintel make j $(nproc) intelcpuintelmpi 运行测试 mpirun np 2 lmpintelcpuintelmpi sf intel in pk intel /share/lammps28Mar2023/examples/melt/in.melt 2.运行测试文件。 编辑 in.lj.billion文件如下所示: