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          本页目录

          帮助中心科研助手最佳实践使用科研文件存放和加载专属Conda环境
          使用科研文件存放和加载专属Conda环境
          更新时间 2025-04-01 20:37:17
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          场景描述

          概述

          在将开发机制作的环境保存并推送至镜像仓库过程中,用户可能遇到镜像过大而无法推动的情况。本教程将指导用户通过conda把环境保存到科研文件中,用户即可在新开发机中快速拉起专属开发环境,减少保存镜像的体积。

          Conda是一个开源的包、环境管理器,可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖,并能够在不同的环境之间切换。

          Conda-pack‌是一个用于打包和传递Conda环境的工具,它可以帮助用户将一个Conda环境打包成一个可移植的文件,使得用户可以在不同的机器或操作系统上轻松迁移和部署该环境。

          步骤简介

          教程包括如下步骤:

          • 创建科研文件:科研文件是科研助手提供的文件管理服务,需要依赖科研文件将数据挂载到不同开发机中
          • 创建开发机A:购买开发机A,并将开发机A中的环境保存
          • 创建开发机B:购买开发机B,在开发机B中拉起并验证镜像环境(开发机A已保存的环境)
          • 进阶:通过conda-pack打包环境并使用

          使用限制

          • 科研文件保存的环境只能在同一个可用区内共享,如需跨可用区请查看下文中的进阶指南。
          • 多人使用同一个环境,新增或修改时会同步受到影响,请谨慎操作。

          环境准备并保存镜像

          2.png

          创建科研文件

          【科研文件】是科研助手提供的文件管理服务模块,您可以通过【科研文件】来管理自己的数据。本教程需要依赖【科研文件】提供环境数据,因此需要提前创建科研文件。

          步骤1:进入科研助手,选择【数据存储】>【科研文件管理】,点击【创建科研文件】按钮

          2.png

          步骤2:此教程以【福州6】为例,在【huanan001-371】资源池中选择【福州6】,科研文件默认最小容量为10G,您可以按需调整所需容量。此处命名为research-storage-test。

          3.png

          配置后,点击【确认订单】,等待科研文件状态变为【创建成功】

          4.png

          创建开发机A并挂载科研文件

          步骤1:进入科研助手控制台,进入【开发机】界面,进入开发机购买页面,此处以【科研版】为例:

          5.png

          步骤2:在购买过程中,

          【可用区】需选择和上一步【科研文件】相同的可用区,此处以【福州6】为例,

          【主机规格】请按需选择

          【存储配置】-【科研文件】处需要挂载上一步【科研文件】,此处挂在的是上一步创建的research-storage-test

          【镜像框架】选择任意公共框架,Jupyter和VNC镜像都可以使用

          6.png

          7.png

          8.png

          登录开发机A并保存环境

          购买开发机

          步骤1:购买完成后,可以看见开发机状态显示为【启动中】,等待新创建的开发机状态进入到【运行中】,然后点击右侧操作栏【打开】;

          9.png

          步骤2:点击【打开】跳转到开发机

          10.png

          在Linux终端中如果bash左侧有显示(base)说明已经进入conda环境,如果未进入则输入conda init并打开新的bash

          11.png

          注意:如您购买的开发机VNC环境中没有conda环境,可以按照如下步骤进行安装,如已有conda环境则跳过:

          1、安装conda

          输入:

          wget https://jiangsu-10.zos.ctyun.cn/bucket-7262/Miniconda3-latest-Linux-x86_64-BC.sh
          sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64-BC.sh
          

          等待执行完成

          2、初始化conda

          /home/batchcom/miniconda3/bin/conda init
          

          3、重新启动一个终端,可以看到(base)

          保存环境

          步骤1:修改conda环境路径并创建专属conda环境

          在科研文件中创建一个conda环境目录,并配置conda指向该目录

          输入:

          mkdir /home/dataset-assist-0/conda-env
          mkdir /home/dataset-assist-0/conda-pkg
          conda config --add envs_dirs /home/dataset-assist-0/conda-env/
          conda config --add pkgs_dirs /home/dataset-assist-0/conda-pkg/
          

          12.png

          步骤2:使用conda创建一个专属环境,例如需要python3.11

          输入:

          conda create -n myenv python=3.11
          

          输入y执行安装

          13.png

          步骤3:创建完毕后,确认myenv环境是否存储在科研文件的路径中(/home/dataset-assist-0/conda-env)

          输入:

          conda env list
          

          下图显示输出/home/dataset-assist-0/conda-env/myenv

          步骤4:进入conda环境测试python3.11是否安装

          输入:

          conda activate myenv
          python --version
          

          可以看到输出为python 3.11.11

          14.png

          新环境镜像验证

          接下来的步骤,请登录新的开发机B并验证环境

          步骤1:请参照本教程中【创建开发机A并挂载科研文件】步骤,重新购买一台开发机B,同时注意,需要在【同一可用区】,此处为【福州6】,并挂在【相同的科研文件】,此处为research-storage-test

          步骤2:点击【打开】跳转到开发机,此处我们以选择VNC镜像的开发机为例。

          注意:原镜像没有conda环境,您可以按照【登录开发机A并保存环境】中的方式安装conda,安装完成后,重新启动一个终端,可以看到(base)

          15.png

          步骤3:配置科研文件中的conda环境

          输入:

          conda config --add envs_dirs /home/dataset-assist-0/conda-env/
          conda config --add pkgs_dirs /home/dataset-assist-0/conda-pkg/
          

          配置完成后,可通过如下命令查看之前已创建的conda环境

          输入:

          conda env list
          

          此处同样输出为/home/dataset-assist-0/conda-env/myenv

          16.png

          步骤4:进入myenv环境,测试python3.11是否可用

          输入:

          conda activate myenv
          python --version
          

          17.png

          您也可以将此开发机保存为镜像,方便下次其他开发机使用,则不再需要配置conda环境。

          进阶:conda-pack打包环境并使用

          conda-pack可以将当前环境打包为压缩包,通过网络传输等方式复制给其他开发机使用,快速拉起专属开发环境。

          您可以在所需要打包的环境中安装conda-pack,此处我们在开发机B中打包环境,再去新的开发机C或原来的开发机A中使用。

          登录开发机B并打包环境

          在开发机B要打包的环境下,安装conda-pack

          步骤1:安装conda-pack

          在开发机B中myenv虚拟环境中,输入:

          conda install conda-pack
          

          步骤2:在要打包的环境下执行conda-pack

          同样在开发机B中myenv虚拟环境中,输入:

          conda-pack
          

          18.png

          此步骤将生成环境打包文件myenv.tar.gz,实际生成的名称与您创建的conda名称关联,请以实际为准。

          步骤3:将生成的myenv.tar.gz文件复制到科研文件中,科研文件的目录为/home/dataset-assist-0

          输入:

          mv myenv.tar.gz /home/dataset-assist-0
          

          输入:

          ls /home/dataset-assist-0
          

          可以看到打包文件已在科研文件中。

          19.png

          登录开发机C并验证环境

          您可以选择在新的开发机C中去验证,也可以在已有的开发机A中验证(因为这里验证的都是python3.11环境,您可以尝试打包其他环境进行验证)

          步骤1:在开发机C中,将上一步科研文件的压缩包复制到任意位置并解压

          输入:

          cd ~
          cp /home/dataset-assist-0/myenv.tar.gz .
          

          解压文件

          输入:

          tar zxvf myenv.tar.gz
          

          20.png

          步骤3:进入conda环境,注意此处命令需要在解压的目录中执行

          输入:这里的解压路径请按实际情况输入

          source 解压路径/bin/activate 
          

          21.png

          或者可以通过注册到conda中来使用,使用

          conda config --add envs_dirs 解压位置的上一级目录
          

          步骤4:查看打包环境

          输入:

          python --version
          

          可以看到回显的python环境为3.11.11

          22.png

          至此,我们通过两种方式实现了通过科研文件和Conda存放并快速加载专属开发环境。

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